Хорошо, напишу в общих чертах: на радиокоте обсуждается контроллер на основе TL494, микросхема недорогая и доступная. Схему могу выложить здесь, если надо. Плюс схемы, что управление и выходные транзисторы можно подобрать под свои нужды, тоесть под разный выходной ток. Собственно TL494 включена так, что поддерживает некоторое напряжение на входе, которое регулируется и регулировкой нужно пытаться приблизиться к точке максимума. Напряжение батареи сравнивается с напряжением ИОН, встроенным в TL494. Теперь собственно идея - в продаже есть микросхемы "цифровой переменный резистор", управляемые по шине spi или i2c. Если напряжение с ион TL494 подать на такую микросхему, а с движка "переменника" подавать на соотв вход TL494, то можно управлять преобразователем фактически по цифровой шине. Микроконтроллер может измерять регулярно ток зарядки аккумулятора и пытаться командами на "переменник" увеличить его. Мне кажется, что с этим может справится и atmega8 к примеру.

Проще наверное шим с микроконтроллера фильтровать и этим напряжением управлять 494ой.

Может и проще, но если использовать АЦП или его разновидность "переменник", то можно быть уверенным, что записываем число в регистр и имеем на выходе точно определенное напряжение. А фильтрованный шим будет зависить от питания МК.